满清政府这个时候也回过神来，严令山东巡抚李秉衡迅速捕捉凶手。以防止事态扩大。臬司毓贤胡乱捕捉了九名无辜群众，称此事件是盗窃钱财的谋杀案，希望能够大事化小小事化了。
然而德国人是醉翁之意不在酒，对于满清政府给出的答复完全不加理会。
当时宋哲因为台东发生特大金矿坍陷事件，赶去现场亲自指挥和慰问矿工。并没有能够第一时间反应过来。即使如此宋哲也下令阻挠德国远东舰队北上。
德国远东舰队先抵达新竹县的红毛港想补给煤炭，但在宋哲的命令下，红毛港的中国工人拒绝工作，要求加薪。旁边有一营中国士兵，等待德国人和中国工人爆发冲突，好介入事件，将事情闹大，拖住德国远东舰队北上的步伐。
德国远东舰队的总司令棣立斯上将识破了计策，并没有和中国工人纠缠，直接离开红毛港溪，到上海补给煤炭后直奔胶州湾而去。
十三日，棣立斯海军上将率领“德皇号”、“威廉亲王号”、“鸬鹚号”三艘巡洋舰抵达胶州湾。
棣立斯向舰队发出了占领胶州湾的命令，但要求部下尽量避免战斗行动，以达到兵不血刃拿下胶州湾的目的。
为了掩护侵略行动，棣立斯先派几名军官登陆，拜访登州总兵章高元，诡称进行军事演习。章高元并没有发现德国人的阴谋，应该德国人近些年都来过胶州湾暂时停泊。
十四日，由五百德国海军士兵组成的陆战队，乘快艇登上青岛栈桥。章高元的守军共三营一千五百人，毫无戒备地看着德军从总兵衙门前穿过。直到德军顺利地占领了清军军械库、弹药库、俯瞰炮台的高地和可以炮轰总兵衙门的地点，向清军发出限三小时全部撤退的通牒。章高元这才如梦初醒。
在德军逼迫下，章高元率领部队移驻青岛山后的四方村一带。
巡洋舰“威廉二世号”鸣炮二十响以示庆贺。
棣立斯召集陆战队员兴奋的训话。并宣布占领胶州湾及附近一切海岛与属地。
章高元发电直隶总督王文韶和山东李秉衡请示应该怎么办。
山东巡抚李秉衡力主强硬，指出德国“衅已构成，非力战不可”。并具体安排了调兵计划。
然而满清政府并不认可山东巡抚李秉衡的意见，他们认为，“德国图占海口，蓄谋已久。此时将藉巨野一案而起。度其形势。万无遽行开仗之理。惟有镇静严扎，任其恫吓，不为之动。断不可先行开炮，衅致自我开。”
大意是德国人图谋已久，现在不过是借巨野教案而趁机霸占胶州湾。看现在的形势，还没有到开战的程度。唯有严密驻扎，任德国人如何恐吓，我就是不为所动。但万万不能够先开炮，将战争挑起。
直隶总督王文韶更认为李秉衡素不喜谈洋务。深恐办理未能妥协。
于是满清朝廷让山东巡抚李秉衡升迁四川总督，而山东巡抚一职改由陕西布政使张汝梅担任，并让张汝梅速速赶赴山东任职，将教案从严惩办，快点把德国人打发走。
然而德军已经得寸进尺，继续逼迫章高元退兵。并在各山口挖沟架炮，声称十六日下午三时进攻。章高元想开战，然而朝廷不让。这一位曾参加镇压太平军和捻军、台湾抗击法军，甲午战争中对日本人不屈抗击的老将一腔悲愤无处发泄。只能够再次退兵沧口。
山东巡抚李秉衡急电总署请战，然而次日清廷颁旨，予以驳回。旨称“敌情虽横，朝廷决不动兵。此时办法，总以杜后患为主。若轻言决战，立启兵端。必致震动海疆，贻误大局。试问将来如何收束耶？”
并令停止招募兵勇，山东沿海各营著归王文韶节制，剥夺李秉衡的兵权。又发令让张汝梅加快速度新任。
时至今日宋哲已经知道，胶州湾不可避免的落入德国人手中了。为免徒增烦恼。宋哲余下的时间全心全意的投入到对占据菲律宾的西班牙人当中。